Pendirian Program Pascasarjana Universitas Muhammadiyah Surabaya (PPs UM Surabaya) diawali dengan penyelenggaraan pembelajaran Program Magister Studi Islam dengan konsentrasi Pemikiran Hukum Islam dan Psikologi Pendidikan Islam. Penyelenggaraan ini berdasarkan Memorandum of Understanding (MoU) antara Universitas Muhammadiyah Surabaya dengan Universitas Muhammadiyah Yogyakarta. Pada tahun 2004, Universitas Muhammadiyah Surabaya dapat menyelenggarakan pembelajaran secara mandiri setelah mendapatkan SK dari Departemen Agama Republik Indonesia Cq Dirjen Bagais nomor: Dj.II/363/2004 tentang izin operasional Magister Studi Islam Program Studi Pendidikan Islam dengan konsentrasi Pemikiran Pendidikan Islam. Pendirian Program Pascasarjana berdasarkan Rencana Strategi (Renstra) Universitas Muhammadiyah Surabaya tahun 2001-2010. Salah satu amanat pada butir F yaitu tentang pembukaan Program Pascasarjana. Usaha untuk mendirikan Program Pascasarna mengalami kendala karena terdapat moratorium pendirian program studi strata satu dan strata dua dari Departemen Agama RI. Meskipun mengeluarkan moratorium, pihak Departemen Agama mengizinkan universitas yang bermaksud menyelenggarakan pembelajaran pada program studi baru dengan cara bekerja sama dengan Pendidikan Tinggi Agama yang sudah ada. Pada tahun 2003 Departemen Agama Republik Indonesia mencabut moratorium pembukaan program studi baru strata satu dan strata dua. Pada saat itu tim mengajukan izin pendirian program studi Pendidikan Islam, hingga tahun 2004 surat izin operasional Magister Studi Islam Program Studi Pendidikan Islam diterima Universitas Muhammadiyah Surabaya. Pada tanggal 10 Maret 2007, Universitas Muhammadiyah Surabaya mengajukan izin perpanjangan penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Islam melalui surat Nomor: 055/II.3.AU/A/2007. Pada tanggal 10 Juli 2007, Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Departemen Agama RI keluar Nomor: Dj.I/258/2008 tentang izin perpanjangan penyelenggaraan Program Studi Pendidikan Islam jenjang Strata Dua (S-2) pada Universitas Muhammadiyah Surabaya yang berlaku lima tahun. Tahun 2009 Universitas Muhammadiyah Surabaya mengajukan surat izin pembukaan program studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia. Tanggal 31 Juli 2009 Surat Keputusan Direktur Jendral Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan Nasional RI keluar dengan Nomor: 1272 /D/T/2009 tentang izin penyelenggaran Program Studi Magister Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia (Prodi PBSI) jenjang program pascasarjana (S2) pada Universitas Muhammadiyah Surabaya. Program Pascasarjana kedudukannya setara dengan fakultas di lingkungan Universitas Muhammadiyah Surabaya. Kepemimpinan meliputi Prof. Dr. H. Saiful Anam, M.Ag. sebagai Direktur Pascasarjana; Dr. H. Abd Hadi, M.Ag. sebagai Wakil Direktur; dan Drs. Mustaqim Fadhil, M. Hum. Program Studi Pendidikan Bahasa dan Sastra Indonesia sebagai Kaprodi masa jabatan 2009-2013 Dr. Idris Asmaradhani, M. Pd; masa jabatan 2013-2017 Dr. Dra. Sujinah, M.Pd. dan Sekprodi Drs. Ali Nuke Affandy, M.Si; masa jabatan 2017-2025 Dr. Ali Nuke Affandy, M.Si sebagai kaprodi dan Ngatma’in, S.Pd., M.Pd. sebagai sekprodi.; masa jabatan 2021-2025 Dr. Ali Nuke Affandy, M.Si sebagai kaprodi dan R. Panji Hermoyo, S.Sos., M.Pd., sebagai sekprodi.